Myšlienka vytvorenia Archeologické múzeum v meste Almería vznikol v prvej polovici 19. storočia. Do roku 1837 z najbližšej do mesta a jeho okolia kláštorov podarilo stiahnuť 196 maľby a staroveké mince a náhrobky, klenoty a riad, pochádzajúce z obdobia arabskou vládou v Španielsku. Ale pre rad neznámych príčin otvorenia múzea v tej dobe sa nekonal. Následne, mnoho z týchto artefaktov robil zbierku múzea mimo Almería, a dokonca aj v zahraničí.

Vyhlásenia druhej španielskej republiky bola skutočnosť, že v roku 1933 v meste Almeria stále otvorený Archeologické múzeum, ktoré sídli v budove výskumného ústavu. Počiatočné zbierka archeologické pozostatky múzeá nájdené pri vykopávkach v Almeria a jeho okolia. V roku 1934, múzeum už začala spoluprácu s ďalšími múzejných zbierok v krajine. V roku 1979, v súvislosti s rozširovaním múzejnej zbierky bol presunutý do budovy, kde sídli vysoká škola svätého Panny Márie del Mar.

V roku 1998 architektmi Ignacio García Pedrosa a Angela Garcia de Paredes bola postavená nová budova múzea, ktorá spĺňa moderné požiadavky. Interiér novej budovy, priestranné a svetlé vďaka prepracovaným systémom prirodzeného osvetlenia, minimalistickým dizajnom, čisté geometrické línie a priestorové kapacity. Zbierka Archeologické múzeum Almería sú exponáty z obdobia paleolitu až do maurskej nadvlády Pyrenejského polostrova.