Bol postavený v rokoch 1590-1592 staršie Židovské mesto Mordechai Mayzlom, ktorý financoval rozsiahlu reštrukturalizáciu geta v štýle Renässans. Synagóga bola postavená pod vedením Jozefa a Júda hriadeľa Goldshmida de Herz. Pôvodne bola budova ťažko poškodený pri požiari v roku 1689, po ktorom bola budova obnovená v barokovom štýle. Po reštrukturalizácii v gotickom slohu obrodenia od A.Grotta v 1893-1905, synagóga stratil veľa z rysov baroka. Od počiatočnej dispozíciou zachovaný renesančný trojloďový rozloženia hlavnej lode a zvýšenú ženskú galériu.

V súčasnej dobe Maiselova synagóga slúži ako výstavný priestor a skladovanie Židovského múzea. Prvá časť expozície Dejiny Židov v Čechách a na Morave od osady pred emancipáciou ilustruje priebeh dejín Židov v českých krajinách od desiateho storočia až do konca storočia XVIII. Prológ predstavuje historické údaje o vzniku židovského osídlenia v Čechách a na Morave. Rovnako ako právnym a sociálnom postavení Žida v stredovekom štáte. Osobitná pozornosť je venovaná obdobie renesancie, a to ako v súvislosti s výstavbou synagóg, tak meno svojho zakladateľa Mordyhaya Mayzla. Tradičné židovské vzdelanie sú dielom vynikajúcich vedcov, ktorí obsadili miesto rabínov a talmudských škôl rektorov slovenských a moravských židovských obcí (Lib Rabín David Oppenheim).