Kostol San Sebastian sa nachádza na kopci, v blízkosti rybieho trhu, v severnej časti starého mesta Lagos. Z tohto miesta ponúka nádherný panoramatický výhľad na záliv. Kostol je považovaný za jeden z najstarších a najkrajších kostolov v meste.

Ešte predtým, než bol kostol postavený na tomto mieste, v roku 1325 bola kaplnka Nepoškvrneného počatia Panny Márie. V roku 1463, biskup João de Mello urobil, že na tomto mieste bol postavený kostol. V roku 1490, na rozkaz kráľa Portugalska, Don João II, boli sme opäť vykonali rekonštrukciu, a kostol bol rozšírený. Po tom, kostol bol vysvätený ako kostol San Sebastian (kostol svätého Šebestiána). Bohužiaľ, ako sa to stalo s mnohými historických budov v Portugalsku, bol kostol prakticky zničený počas lisabonské zemetrasenie v roku 1755. Kostol bol obnovený, a dve storočia neskôr bol kostol opäť zničené pri zemetrasení, ku ktorému došlo v roku 1969. V priebehu doby bol kostol opäť obnovený.

Vnútri kostola trojloďový oddelených dórske stĺpy. Pôvodný hlavný oltár kostola siaha až do XVI storočia. Altar sa skladá zo štyroch panelov. Očakáva sa, že tieto panely vytvoril jeden z najslávnejších umelcov Algarve v XVI storočí Alvaro Dias. Kostol držal starú plán mesta. V roku 1828, kostol má veža so zvonom.

V roku 1924, kostol San Sebastian bol uvedený ako pamiatku národného významu.