Archeologické múzeum v Agios Nikolaos sa nachádza v severnej časti jazera Voulismeni ulice PALEOLOGOS, 74, len pár minút chôdze od centra mesta. Múzeum bolo založené v roku 1970 a má bohatú zbierku archeologických nálezov v prefektúre Lasithi.

Expozícia múzea je umiestnená v ôsmich výstavných sálach a pokrýva obrovské obdobie dejín od neolitu do doby rímskej. Múzejnej zbierky patrí keramika, kamenné plastiky, sochy, potreby pre domácnosť, rôzne pohrebných artefaktov, zlaté šperky, bronzu a slonovinovej artefakty vzácnu detský pohreb a ďalšie.

Najpôsobivejšie exponátom múzea je lebka mladého muža, nájdené v rímskom cintoríne pri Potamos neďaleko mesta. Lebka sa datuje do 1. storočia nášho letopočtu a korunovaný so zlatou čelenkou v podobe olivového listu. V ústach lebky bola strieborná minca z Polirinia (West Kréta), uvoľňovanie, ktorý bol starý k panovania rímskeho cisára Tiberia. Coin, podľa prastarej tradície, dopravca musel zaplatiť duše Charon do podsvetia Hades nad riekou Styx.

Zvlášť zaujímavé sú artefakty objavené pri vykopávkach na minojskej cintorína Aghia Fotia. To je prehistorickej cintorín, ktorý bol nájdený 260 Minoan hrobov, je pozemok najväčších archeologických lokalít na Kréte. Tu bola založená v roku 1600 rôznych plavidiel, vyrobené bez použitia hrnčiarskom kruhu a jeho štýl je podobný Cycladic umenia.

Predstavovaný v múzeu a artefakty z vysporiadania minojskej Myrtos, z ktorých najdôležitejšie je považovaný za "bohyne" Myrtos - plavidlá v podobe ženskej postavy. Múzeum vystavuje tiež artefakty z minojskej paláca Malia, vrátane nádhernej prepady kameň plavidiel vo forme Triton.

Archeologické múzeum v Agios Nikolaos je jedným z najvýznamnejších múzeí Kréty.