Starovekej legenda hovorí, že v roku 1364 litovský šľachtic menoval Goshtautas pozvaní na 14 Franciscan mníchmi a dal si ich domov, aby mohli usadiť v krajine. Keď Goshtautasa odišiel, všetci mnísi boli zabití. O nejaký čas neskôr, šľachtic Invite Franciscan mníchmi. Nové mnísi sa usadil v inom mieste, a miesto zavraždených mníchov, on postavil kostol, pomenovaný na počesť svätého Kríža.

V roku 1524 kostol vyhorel. V roku 1635 na tomto mieste usadili kňazov Bonifratrzy. Začali svoju prácu sa, postavený nový kostol svätého Kríža, ktorá bola založená v blízkosti kláštora rovnakého mena a otvoril v kláštornej nemocnici. Neskôr, v nemocnici sa zmenil na útočisko pre duševne chorých. Goshtautasa katolícky kostol bol pridelený podľa kláštorných priestorov. Psychiatrická nemocnica tu fungovala až do roku 1903, kedy bol presunutý do novej budovy postavené špeciálne pre psychiatrickej liečebne.

V roku 1737 bol kostol znovu vyhorel. V roku 1748 bol kostol zrekonštruované, interiér bol kompletne opravený, šesť oltára boli postavené a inštalované Kost'ol'na odbor bol postavený v barokovom slohu. Len zdobené barokové fasádou a budovu kláštora. Aj keď po obnovení exteriéru budovy a tam boli prvky rokoka. Vnútri chrámu stojí majestátne nad priestranné izby kamennými krížovými klenbami. Zaujímavá kombinácia architektonických prvkov baroka, rokoka a neo-rokoka.

V chráme je zdroj, ktorý je považovaný za zázrak. Legendy hovoria, že zdroj sa náhle objavil u sochy Nepoškvrneného počatia. To je miesto, kde sa mnísi mučení zarezané františkánmi. Hovorí sa, že je zvlášť výhodné voda tohto zdroja o pacientov s ochorením očí.

V kostole je tiež zázračný kríž, ktorý je namontovaný nad hlavným oltárom. Pod krížom je obraz Panny Márie s dieťaťom. Možno predpokladať, že sa obraz namaľoval v 17. storočí, ale určite je pôvod obrazu je neznáma. To je tiež zaradený medzi zázračných výtvory. Kópie zázračným obrazom Panny Márie s dieťaťom, v podobe fresiek možno vidieť na hlavnom priečelí kostola. Je pod klenutým štítom, postavený v roku 1737 medzi dvoma bočnými vežami kostola.

Medzi rokmi 1914 a 1924 sa v kostole koná špeciálnu službu pre študentov litovských škôl. V čase, keď bol Vilnius obsadené Poľsko, neboli vykonané v chrámovej službe v litovskej yazyke.V Bonifratr 1843 Rád bol zrušený, a na mieste kláštora zostala len ich reprezentácie. V roku 1909 bol kostol znovu opravený. Na konci prvej svetovej vojny, v roku 1924, biskup Jurgis Matulaitis Bonifratr pozvaný k návratu do kláštora svätého Kríža. Návrat mníchov v kláštore bol veľmi aktuálna. Oni opravili kostol, stavať šesť oltára tam. Oni tiež predstavil v kláštore útočisko pre seniorov a polievku kuchyne pre potrebné "charity".

Na začiatku druhej svetovej vojny, bratia z Vilniusu bolo stiahnutých Bonifratrzy Order. V roku 1947, kláštor chránené sestier zhromaždenie "Nepoškvrneného počatia Panny Márie." Sú však dominujú krátkodobé. Sovietske úrady zatvorené v roku 1949 a kláštor a kostol. Budovy kláštora boli umiestnené obytné apartmány.

V roku 1976, chrám bol obnovený a zariadil v ňom Concert Hall Vilnius filharmónie, takzvaný "malom sále baroka." Tam boli koncerty organovej hudby.

Vilnius Arcibiskupstvo dostal späť do svojich domovov až po zmene režimu v roku 1990. Chrám a kláštorné budovy boli obnovené a prevedené na novo vysvätených mníšky Kongregácie Sestier "Nepoškvrneného počatia Panny Márie."