Pravoslávny kostol svätého Mikuláša bol založený v Lyone zástupcovia ruskej komunity, ktorý emigroval do Francúzska po 1917 revolúcii.

Prvý kostol, založený v roku 1928, sídli v drevenej budove na ulici Drum. To bola pomenovaná po slávnom svätca, rovnako ako spomienka na zábere spolu s rodinou cisára Nicholas II. Prvým rektorom bol otec Victor (Puškin), bývalý plukovný kňaza.

V roku 1937, chrám je pravdepodobne kvôli podpaľačstvo, vyhorel úplne. Jeho obnova začala len o dva roky neskôr - pre stavbu kamenné budovy zvolenej novej umiestnenie na Rue Saint-Genevieve. Chrám vytvoril projekt emigranta Sergey Bazdereva. Stavba kostola bola vykonaná rektor a farníci zhromaždili na dary, práca bola vykonaná vo večerných hodinách a cez víkendy, takže stavba postupovala veľmi pomaly. Dokonca aj počas druhej svetovej vojny, a to aj napriek bombardovanie a nedostatku finančných prostriedkov, práca pokračuje. A vnútro chrámu pokračoval aj po vojne. Posvätenie kostola sa konala v máji 1946.

V roku 1970, v kostole po zrútení stropu bola opravená. Ku koncu minulého storočia, okolo kostola až štvrtí, a keď vedľa neho bola otvorená stanice metra, sa počet veriacich zvýšil. Jedna z ikon kostol zasvätený sv Irenaeus - biskup Lyonu boli umučení pre svoju vieru v roku 202.

Kostol svätého Mikuláša v Lyon bohatou výzdobou je iná a originálna architektúra, ale to sa nazýva pamiatkou prvej vlny emigrácie a symbol lásky pravoslávnej viery.

V Lyone, existujú aj ďalšie ruskej pravoslávnej cirkvi - napríklad kostol svätého Jána Rus.