Kostol Márie Magdalény sa nachádza v okrese Södermalm. História kostola pochádza na 1350-ročník, kedy kráľ Magnus Eriksson so súhlasom pápeža Klimenta VI postavili kaplnku a venoval ju Márie Magdalény. Vonkajší vzhľad budovy tých rokov zle zdokumentovaný, a to iba existujúce medená rytina znázorňuje kaplnke ako malé budove s veľkou vežou, prikrývali sa špicatou vežou.

Na začiatku 1520s oslobodil Gustav Vasa v Štokholme, a jeho vojská na čele s Peder Fredagom utáborili v kaplnke, ale utrpeli ťažké straty, keď dánske armáda kresťana II na ne zaútočil z mesta. Táto udalosť môže byť jedným z hlavných dôvodov, prečo Gustav Vasa zničiť všetky kostoly, kláštory a kaplnka, ktoré obklopujú mesto, po zavedení protestantizmu v 1527, vrátane kaplnka Márie Magdalény. Avšak, jeho syn, kráľ John III, začala výstavbu nového kostola na mieste kaplnky roku 1588. Avšak, jeho smrť v 1592 prerušil prebiehajúce stavebné práce, a kostol zostal nedokončený až do roku 1634.

Architekti Nicodemus Tessin starší a Tessin Jr. prevzal pokračovanie vo výstavbe a postavený barokový kostol. Veža, ktorá bola považovaná za najkrajšiu v Štokholme, bol zničený počas požiaru v roku 1759, ktorý tiež zničil 300 ďalších budov v areáli. Carl Johan Cronstedt bol poverený obnoviť cirkev a jeho projekt bol dokončený v roku 1763. To udržal veľa z pôvodného návrhu. Obnova interiéru kostola Márie Magdalény sa konal v roku 1927, v rovnakom roku tu bola zriadená prvá telo, druhá bola pridaná v roku 1986.