V roku 1647 mesto Eisenstadt bol pod nadvládou kniežacieho domu Esterhazy, ktorý mal veľký vplyv na mesto a viedla k pozitívnym zmenám. V roku 1648 dekrétom cisára Ferdinanda III Eisenstadte stal slobodným mestom, Zdaňuje platí vo výške 16.000 zlatých a 3000 sudy vína. V roku 1670 Paul Aj povolené usadiť v Eisenstadte a šesť okolitých osád 3000 Židov, ktorí boli vyhnaní z Viedne. Rabín mesta bol Vertaymer Samson, ktorý sám bol pochovaný na starom židovskom cintoríne.

Tam bolo potreba na cintoríne. Takže tam bol starý židovský cintorín v 17. storočí, v blízkosti židovskej štvrti. Starý cintorín fungovala od 1.679 do 1.875 rokov a zamestnáva okolo 1140 kamenných náhrobkov len s hebrejskými nápismi. Vzhľadom k obmedzenému priestoru, vedľa starého cintorína bola zriadená nová. Nový cintorín bol v použitie od roku 1875.

Počas nacistickej okupácie, obaja cintoríny boli čiastočne zničené, a náhrobky boli použité na stavbu bariéry okolo mesta. Po roku 1945 bol cintorín rekonštrukcii, a pamiatky boli zavedené. V roku 1992 nastal nový cintorín vandalizmus: asi 80 náhrobkov boli znesvätené nacistických symbolov.

Cintorín Eisenstadt je odlišný od inej starovekej židovskej cintoríny nedostatok vegetácie. Avšak, to je veľmi podobné v tvare a vzhľade s viedenskej cintorína. To je spôsobené skutočnosťou, že prvé osadníci boli viedenskej emigranti. Pred vchodom do starého cintorína bol robený cez krásne polkruhových kovových brán, ale teraz neboli zachované. Oba cintoríny sú otvorené pre verejnosť.