Prvá univerzita v Pécsi vznikla v roku 1367 ako jeden z najstarších v strednej Európe kráľa Ľudovíta Veľkého, ona išla dole počas tureckej okupácie. V roku 1921 bývalej maďarskej univerzity v Bratislave (to Bratislava, maďarskom :. Pozsony) sa sťahoval do Pécs, Janus Pannonius je rezultatom1982 University (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  Prvá univerzita bola založená v Pécsi Louis ja Maďarska v 1367 po tom, čo existuje ako jednotný vzdelávacie centrum pre niekoľko desiatok rokov, v polovici 15. storočia to bolo rozdelené do dvoch škôl - právo a teológiu. Počas tureckej okupácie univerzity bol uzavretý a otvorený len v roku 1785, kedy Jozef II posunul Royal Academy of Gyor, Pécs. V roku 1802, Kráľovská akadémia prišiel Gyor na príkaz Františka I., a inštitúcie vyššieho vzdelávania v Peci nebolo až do roku 1833, kedy sa biskup Pécs pod záštitou mesta senátu založené v Peci akadémii s právnickými fakultami a filozofie.

  Moderné University of Pécs bola založená v roku 1912 a pôvodne sa nachádza v Pozsony (teraz Bratislava). Po druhej svetovej vojne bol Pozsony aneksirovan z Maďarska, a v roku 1921 sa sťahoval do University of Pécs, kde to zostane k tomuto dňu. V roku 1951 sa lekárska fakulta Univerzity boli oddelené, a až do roku 2000 bol samostatný orgán. V roku 1982, univerzita bola pomenovaná po Janus Pannonius. Tento University of Pécs bola založená 1. januára 2000 zlúčením Janus Pannonius University, University of Medicine a vysoká škola učiteľov.