Kostol Santa Cruz bol postavený jezuitmi mníchmi v roku 1608 ako farský kostol pre čínskych prisťahovalcov v Manile, z ktorých mnohé prijali kresťanskú vieru. Keď jezuiti boli vyhnaní z Filipín, sa kostol stal majetkom dominikánskeho mnícha. Kostol bol takmer dvakrát zničená mohutným zemetrasením a vážne zranený počas slávnej bitky pri Manily vo februári 1945, ktorý označil koniec takmer trojročnej japonskej okupácie mesta.

Keď v roku 1571 bol vyhlásený hlavné mesto Manila filipínskej súostrovia, to stalo sa transformovala do podoby stredoveké európske mesto s kostoly, paláce a radnice postavené v štýle španielskeho baroka. Súčasná budova kostola Santa Cruz, renovovaný v roku 1957, obnovený vo svojej pôvodnej podobe. Avšak, je možné vidieť stopy veže je typické ázijské architektúry. Oltár kostola na prvý pohľad vyzerá trochu podhodnotené, ale jeho svetelný dizajn dokonale.

Kostol Santa Cruz sa nachádza na Plaza LACSON (predtým Gojty Area), v blízkosti slávneho Fontana Karredo, postavený v roku 1882 na počesť "najväčšieho dobrodinca Filipín 'Francisco Karredo ktorý daroval 10-tisíc pesos na výstavbu prvého vodovodného systému v Manile.