Katolícka cirkev San Francisco sa nachádza v centre mesta La Serena. Kostol je štruktúra konca XVI storočia.

V roku 1563, v La Serena usadil Franciscan mníchmi. Christopher Fray Juan Torrealba Ravaneda postavený na tomto mieste kaplnku Adobe. Na začiatku roka 1585 Fray Francisco Medina a Juan Francisco Roman Carburym sme zahájili stavbu súčasného kostola vápenca v talianskom renesančnom štýle. Hrúbka stien budovy, dosiahol 1, 20 m. Konštrukcia bolo ťažké a nákladné, pretože vápenec priviedol z Penyulas Alto a z lesov oválu. Kostol svätého Františka bol prvý kamenný kostol La Serena a bol vysvätený na Štedrý deň 1627 v mene Panny Márie Dobrej nádeje.

V XVII storočí mesto La Serena utrpel rad útokov korzárov. Počas invázie mesta pirátov vedených Angličanom Bartolomeja Sharpe v roku 1680, to bolo zničil väčšinu mesta vedľa kostola San Francisco. Zemetrasenie v roku 1730 stavba kostola takmer nebol poškodený, okrem strechy, rekonštrukcie ktorý bol dokončený až v roku 1755. V roku 1735 bol kostol otvorený kláštor a školu pre vzdelávanie mníchov. Pracoval až do budúceho ničivom zemetrasení z roku 1796, v ktorom časť veže sa zrútil, opúšťať budovu kostola a kláštora nie sú vhodné pre službu. V roku 1823, františkáni boli vyhnaní a ich majetok zabavený.

V prvej polovici XIX storočia, v súvislosti s objavom ťažby medi v kláštore začala pracovať mincovňa Coquimbo, ale tento projekt bol krátkotrvající. 1840 štruktúra kláštora slúžila ako kasárne. Počas bojov na obliehanie La Serena v roku 1851, veža kostola bola ťažko poškodená. V roku 1858 bola budova opäť obnovená Franciscan mníchmi.

V roku 1878, kostol prešiel niekoľkými úpravami: niekoľko poschodí boli zbúrané, kostol začal byť zložený z troch naves oddelených arkádami, fasády došlo k zmene, boli tam tri vyvážené vstupy v novorenesančnom slohu. Rekonštruovaná Kostol bol otvorený 01.10.1899.

V roku 1913, veža a štuková fasáda kostola bola znovu zničená počas zemetrasenia. V roku 1923 postavil novú kostolnú vežu, tentoraz z vystuženého betónu. V roku 1975, po silnom zemetrasení, kvôli veľmi zlému stavu budovy, musel zatvoriť kostol. V roku 1977 otvoril polovicu kostola pre veriacich vo zvyšku budovy pokračoval byť vykonané reštaurátorské práce na uvedenie do pôvodného vrcholu veže, stien a stropov, ktorá existovala až do polovice XIX storočia. V sakristii je otvorené múzeum náboženského umenia a cirkevné tanier.

Kostol San Francisco, bol vyhlásený národnou kultúrnou pamiatkou Čile v roku 1977.