Výstavba kláštora Ninnadži začala v roku 886, jeden cisár - Kёkё a dokončená dva roky po smrti ďalšieho predchodcu - Uda. Po abdikácii cisára Uda bol tonsured mníchom a odišiel. Vzhľadom k tomu, že v dôchodku cisár tu žila po zvyšok svojich dní, bol kláštor neformálny názov "Old Imperial Palace Omura." Oficiálny názov Ninnadži sa prekladá ako "kláštorné humánne harmóniu."

Od založenia chrámu, a až v druhej polovici XIX storočia opáta kláštora sa stal synmi cisárov, ktorí sa kláštorné sľuby na rozkaz svojich otcov.

Kláštor sa testu trikrát, oheň: požiar v roku 1119 komplex stratil väčšinu z jeho stavieb, a v nepokojnej dobe onine (1467-1477 rokov) na svojom mieste zostali iba popol. To bol obnovený až v XVII storočia, a dokonca ani vtedy nie úplne. Jednoducho, ako veľký bol kláštor vlastníctva, podľa rozloženia 88 pútnických chrámov raz stál na jeho území, ktoré sú stanovené pre záhradu. V roku 1887, časť budov spálili Ninnadži, ale obnova začala až po viac ako dve desaťročia.

V súčasnej dobe, Ninnadži je hlavným kláštor Shingon budhistické sekty, Omura a Ukyo sa nachádza v starom japonskom hlavnom meste. Hlavné svätyne Ninnadži - socha Amida Budhu. Hlavný chrám Ninnadži kláštora je zoznamu svetového dedičstva UNESCO, a niektoré budovy a kuriozít v ňom uložených má štatút národného dedičstva v Japonsku - najmä Condo - hlavná sála chrámu, drevená obraz obrazu Budha na hodváb božstvo Kudzyaku a ďalšie. Vnútri chrámu je vyzdobený unikátnymi plátnami a iných umeleckých diel.

Oblasť chrámového komplexu je rozdelená do niekoľkých vysokými múrmi. V juhozápadnej časti rybníka a tam sú pavilóny, ktoré ukladajú poklady a starobylé umeleckých diel. Na sever je hlavná sála Condo, päť-stupňová pagoda a čerešňový sad, kde po mnoho rokov pestuje odroda čerešňového Omura ktorá kvitne po všetkom. Kostol je škola ikebana Omura.