Heraklion bola postavená Arabmi v IX storočí. Potom zavolal Handakas. V stredoveku Benátčania bol obklopený mestskými hradbami v dĺžke 5 km. Na malom námestí v centre mesta je krásna mramorová fontána, pomenoval podľa benátskeho generála Morosini. Tiež prežil niekoľko benátskych domov.

Pýchou mesta je bohatá archeologické múzeum. Tu sú všetky najdôležitejšie artefakty kultúry Minoan: keramika, kameň rezba, vytesaný tlač, sochárstvo, zlaté šperky, kovové výrobky, krásnymi freskami od palácov a domov z bohatého a unikátneho sarkofágu kameňa Agia trojice.

Historické múzeum mesta predstavuje exponáty byzantskej, benátskej a tureckej období a historických dokumentov z novodobých dejín Kréty. Tu sú tiež miestne kroje, tkané výrobky, rezbárstvo, výšivky a iné položky dekoratívne umenie.