Univerzita Záhreb je najstaršia nielen v Chorvátsku, ale aj v juhovýchodnej Európe. Dátum jeho založenia je považovaný za 23.septembra 1669, kedy rímsky cisár a maďarsko-chorvátsky kráľ Leopold I vydal zákon uznáva výsady a stav vysokoškolských vzdelávacích inštitúcií z bývalej jezuitskej akadémie, ktorá pôsobila na území slobodného kráľovského mesta Záhrebu, bývalé hlavné mesto kráľovstva Chorvátska a Slavónie. Tento dátum je začiatok histórie na univerzite v Záhrebe v ich boji za vykonávanie práv prijal a získať dôstojné miesto medzi autoritatívnym a zástupcu univerzít a akadémií v strednej Európe.

Histórie univerzity v Záhrebe vo svojej modernej podobe začína dzhyakovskogo iniciatívy biskupa a významného mecenáša chorvátskej Josip Juraj Strossmayer, keď v roku 1861 navrhovanom organizovať univerzitu štyri fakulty: lekárske, teologické, filozofické a právne. Tento návrh bol považovaný za niekoľko rokov, a v roku 1874 chorvátsky parlament prijal iniciatívu a vydal dekrét "Na univerzite." V rovnakom roku sa univerzita zmenila svoj názov a stal sa známy ako moderné univerzity v Záhrebe.

Od roku 1990 univerzita získala väčšiu autonómiu, sa na rovnakom čase začal pristúpení k bolonského procesu.