Augustiniánsky kláštor v Třeboni je jedným z najvýznamnejších miestnych historických pamiatok. Bol založený pre katolícku poriadku augustiniánů štyroch bratov, vlastníci mesta - rodu Rožmberkov. Táto vznešená rodina vlastnila až do 1660 Třeboně. Takmer všetky významné budovy mesta, vrátane tunajšieho zámku, boli financované tieto aristokratov.

Třeboň kláštor sa objavil v centre mesta v XIV storočí. 20 rokov po založení kláštora, keď sa postavil chrám zasvätený menom svätého Eliáša a Márie. Skutočnosť, že miestni obyvatelia už dlho uctievali svätca. Ešte predtým, než kláštor tu existovala Třeboň farnosť svätého Eliáša. Tento kláštorný kostol obsahuje nejaký nádherný umelecké dielo - "třeboňského oltára", vyrobený v gotickom štýle v XIV storočí. Meno autora tohto majstrovského nedosiahol našich dní, ale je známe, že bol miestny a vysoko rešpektovaný pán.

Kláštor vlastnil 7 miest, darilo a prosperoval, ako sa všetky nové oprávnenia. Takže v roku 1389, miestne mnísi mohli vybrať svoj vlastný opáta.

Miestne svätý príbytok neutrpel počas husitských vojen od roku užili patronát Oldrzhiha Rosenberg II.

V XVI storočia bol kláštor uzavretý, pretože mravného poklesu v kláštornom prostredí a takmer úplné zničenie opátstva. Všetky kláštorné majetky sa stal majetkom Rožmberka. V roku 1631, na naliehanie kráľa Ferdinanda II bol kláštor obnovený. Jeho nový manažér prišiel z Rakúska a sľuboval obnoviť poriadok v priradenej kláštore.

Do roku 1738 sa všetky rekonštrukcia dokončená a miestne kláštor opäť stal centrom vzdelania, vedy a viery. V polovici XVIII storočia bol kláštor značne rozšírený: na jeho území, tam sú niektoré magisterské výstavbe, snemovňa opát kaplnku svätej Barbory.

Mať prežil veľký požiar v roku 1771, Kláštor bol zrušený kvôli cisárskej reformy. Dnes je kláštorný komplex je otvorený pre návštevníkov.