Do konca 19. storočia, zvýšenie počtu obyvateľov pravoslávnej vyžiadal výstavbu nového pravoslávnej katedrále. Existujúce v dobe kostola Premenenia sa stal malý pre rastúci počet farníkov, a tiež jeho umiestnenie nebolo príliš pohodlné. Princa Sergey Shakhovskoy, ktorý v roku 1885 bol menovaný guvernérom Estónskej začala výstavbu pravoslávneho kostola a dostal povolenie získavať finančné prostriedky pre realizáciu tejto myšlienky. Dary dostal na výstavbu sem z celého Ruska. V dôsledku toho, September 15, 1.899 sa zhromaždí dostatočné finančné prostriedky pre stavbu chrámu.

Katedrála rozhodol venovať svätého kniežaťa Alexandra Nevského, po mimoriadnom záchrane cára Alexandra III a jeho rodina počas strašného železničného nešťastia, ku ktorému došlo 17. októbra 1888. Veľmi pozorne si vybral miesto pre stavbu budúceho kostola. Z ôsmich navrhovaných možností zastavil pred guvernéra paláca v Vyšhorod. V auguste 1893, slávnostné svätenie miesta pre budúcnosť katedrály. Pri ceremoniáli bola podaná na ikonu zázračné Dormition Matky Božej, oslobodená od Pühtitsa kláštora.

Výsledkom projektu je akademik architektúry katedrály Michail Kalašnikov Premenenia, odborník na cirkevných stavieb, člen petrohradskej Akadémii výtvarných umení .  Spočiatku projekt zahŕňal inštaláciu mramorové ikonostas, ale počas výstavby bolo rozhodnuté nahradiť na drevené pozlátená .  Ikony boli písané v štúdiu maliarstva akademik Alexander Nikanorovich Novoskoltseva .  Podľa jeho skíc Petersburg Majster Emil Karlovy Shteinke prinútilo vitráže, ktoré boli inštalované v oknách hlavného oltára kaplnka .  Bell vyrába v Petrohrade vo zvonici rastlín obchodníka Vasily Michajlovič Orlov .  Zvonenie zvonov katedrály je 11 .  Zvonček obsadil rôzne obrázky a nápisy .  Výsledkom bola výstavba chrámovej trehprestoly vykonanej na modeli moskovských kostolov z 17. storočia, sa môže ubytovať asi 1500 ľudí .  Priečelie katedrály zdobené mozaikami, vyrobený akademik architektúry A . H . Frolov . 

Slávnostné vysvätenie katedrály v mene Alexandra Nevského sa konala 30. apríla 1900, ktorá bola vedená Agafangel Jeho Milosti, biskup z Rigy a Mitava. Ceremónie sa zúčastnil aj St. práva. o. John Kronštadtu.

Na začiatku 20. rokov, bolo rozhodnuté o demolácii chrámu ako "pamätník ruského násilia." Estónsko sa dokonca začal zbierať finančné prostriedky na realizáciu tohto rozhodnutia. Na konci roka 1928 účet bol predstavený strhnúť katedrálu svätého Alexandra Nevského. Temple podarilo obhájiť sily globálneho ortodoxnej komunity. Počas druhej svetovej vojny, katedrála bola uzavretá, a bol znovu nastolil otázku jeho demoláciu.

V 60. rokoch by byť táto katedrála prevedený pod planetária. Od rekonštrukcie, chrám Alexandra Nevského podarilo zachrániť mladého biskupa Tallinn a Estónsko Alexy, budúce patriarcha Moskvy a celého Ruska Alexijom II. V roku 1999, ako znamenie zvláštne ochrany Tallinn chrámu Alexandra Nevského bol udelený štatút Stavropegic, čo znamená priamu podriadenosť cirkvi, patriarcha Moskvy a celého Ruska. V týchto dňoch akcie a katedrály je otvorená denne od 8 do 9 hodín.