Naproti hlavnému vchodu do pevnosti Fortezza je Archeologické múzeum v Rethymnon. Artefakty vystavený v múzeu, predstavujú históriu regiónu od neolitu do rímskeho obdobia. Expozícia je uvedený v chronologickom poradí.

Archeologické múzeum v Rethymno bola založená v roku 1887. Od roku 1991 sa múzeum sídli v tureckej baštou. Dobre opevnená budova slúžila ako doplnkovú ochranu centrálneho vchodu do pevnosti. Až do 1960, stavba bola použitá ako štátnej väznici. Predtým bolo múzeum sa nachádza v budove benátskej lodžie.

Múzejnej expozície je obrovská a veľmi rozmanitá. Múzeum: veľká zbierka keramiky, sôch, figúrky, rôznych pohrebných artefaktov, klenoty, domáci tovar, rímske lampy, výrobky z kameňa, náradie a ďalšie.

Medzi najzaujímavejšie exponáty patrí pozdneminoyskie hrobky, terakotovej figúrky, helma pozdneminoyskoy éry tlač z Monastiraki, kamenná výzdoba jaskyne Gerani. Pozoruhodné exponáty, ako je rímske kópia sochy "Big gerkulanka" od starobylého mesta Eleftherna, mramorová socha Afrodity (1. storočie pnl), minojskej bohyne figúrka so zdvihnutými pažami nájdené v Pankalohori (1320-1200 pnl), hlavy terakota žena figúrka z Axos (530 BCE). Zvlášť zaujímavé je tiež vynikajúci zbierku mincí z rôznych období a regiónov vrátane mincí razených v Knossos. V múzeu môžete vidieť mramorové náhrobky s obrazom bojovníka nájdené v Eleftherna, ktorý pochádza z druhej polovice 6. storočia pred naším letopočtom a mramorovú sarkofágu zobrazujúci mytologické výjavy I-III storočia nl

Bohatá zbierka archeologického múzea uspokojí aj najskúsenejší milovníka histórie.