V japonskej histórii bola doba, kedy vládcovia favorizoval šírenie kresťanstva, a obdobie, kedy priniesli zo zámoria doktríny ukázal v nemilosti, a jeho nasledovníci boli prenasledovaní. V XV a XVI storočia, kresťanstvo sa rýchlo rozšíril na ostrovoch súostrovia, ale na konci storočia XVI bol zakázaný, a ľudia z Japonska to praktizoval tajne. Obyvatelia Nagasaki boli každý rok nútení dokázať, že nie sú kresťania. Ak chcete to ponúkli, aby porušovali obraz Ježiša Krista a Matke Božej, a tohto rituálu robiť, museli prejsť až do polovice XIX storočia. Všeobecne platí, že kresťanstvo bolo zakázané v Japonsku, rovnako ako dve a pol storočia, počas tejto doby bolo popravených, mučení alebo deportoval tisíce ľudí vyznávajúcich náboženstvo.

05.2.1597 v Nagasaki boli verejne popravení za misijnú prácu 26 ľudí, z ktorých 20 boli Japonci, štyri Španieli, rovnako ako mexickej a indickej. Uznesením z potom panujúcej šogúna Toyotomi Hideyoshi zatknutý kresťania boli mučení, potom dal v Nagasaki a bol ukrižovaný na kríži postavené na kopci Nisidzaka. Po vykonaní obetí sa stal mučeníkmi ako svätí prečítať a rozpoznať im rôzne zábavy. Sto rokov po svätorečenia v roku 1962 na kopci otvoril pamätník a múzeum. 6.februára Katolícka cirkev v Japonsku oslavuje svoje pamäti.

Múzeum obsahuje dôležité historické dokumenty priniesol z Európy a zložené v Japonsku, umelecké diela období raného kresťanstva v Japonsku. Výstavné chronologicky zoznamujú návštevníkov s obdobia raného kresťanstva, občas prenasledovanie kresťanov a život tajných katolíkov v období self-izolácie stave.

V súčasnej dobe, kresťanstvo je tretí z hlavných náboženstiev v Japonsku po budhizmu a šintoizmus. Na začiatku storočia XXI, bolo ich tam asi 2, 5 miliónov kresťanov, väčšinou katolíci.