Keď španielskej koloniálnej vojaci začali dobytie Peru, Cuzco bol jeden z bášt moci v inkskej ríše. Jeho obyvatelia sa zúrivo bránil, dvojnásobnou mesto prešiel z ruky do ruky, než Inkovia ustúpil v roku 1536. Katolícka cirkev reagovala veľmi vážne na výstavbu katedrály v tak dôležité koloniálneho mesta v regióne. Katedrála Santo Domingo, to je volané katedrálu Nanebovzatia Panny Márie, bol postavený so starostlivosťou a dôrazom na detail, a pokračujúce výstavbe viac ako jedno storočie. Dnes je katedrála je jednou z najvýznamnejších a najpopulárnejších turistických destinácií v Cusco, a pretože jeho veľký význam v dejinách mesta, a pretože jeho krásne architektúry.

Pri príchode španielski dobyvatelia v Cuzco, najdôležitejšie a prominentný chrámy v meste, bola Coricancha - chrám zasvätený bohu slnka Inti. Mnoho historikov verí, že toto bolo najposvätnejšie chrám v inkskej ríše. Španieli sa rozhodli na mieste chrámu Inkov stavať svoju katedrálu, a používa zároveň väčšinu stavebných materiálov, prechádza chrám Coricancha. Dnes môžu návštevníci ešte vidieť malé množstvo zničených stien chrámu Inkov v zadnej časti katedrály.

Malý kostol, známy ako Triumph cirkev, postavený v roku 1536, krátko po tom, čo bolo mesto dobyté. Ale akonáhle sa španielske orgány v týchto oblastiach založená, mesto začalo budovať oveľa grandiózny a impozantný katedrálu. Plány boli vypracované španielsky architekt Juan Miguel de Veramendi. Katedrála bola postavená v gotickom a renesančnom slohu, ktorý bol typický pre španielskej cirkevnej architektúry v tej dobe. Hoci tam sú niektoré známky prítomnosti Inkov vplyvu v náboženskej symboliky budovy, vrátane hlavy jaguára na hlavné dvere katedrály. Stavba katedrály začala v roku 1559. Väčšina populácie Inkov bol použitý pre ťažkú ​​prácu pri stavbe chrámu.

Po celé stáročia, katedrála stala domovom niekoľkých významných náboženských artefaktov, vrátane slávnej sochy Čierneho Krista, ktorý je temnejšej pomocou sviečok pre niekoľko storočí. Predpokladá sa, že táto socha pomohla kostol prežiť a zotrvať po ničivom zemetrasení v roku 1650. Na pravej strane je veľká veža katedrály zvon Maria Angola Bell, 2 metre vysoký, váži cca 6 ton. Jeho zvonenie môže byť počuť na vzdialenosť dvadsať míľ. Katedrála držal pôsobivú zbierku umenia trvať niekoľko storočí, vrátane maľby v roku 1650, ktoré sú najstaršie v meste.