Výstavba novej budovy kláštora Santa Clara v Coimbre bola zahájená v roku 1649. Starý kláštor, postavený na konci storočia XIII, bol zničený, a bolo rozhodnuté postaviť novú budovu pre mníšky Rádu Santa Clara.

Tento projekt vyvinul benediktínsky mních z kláštora a kráľovský architekt João Turriano, na starosti výstavbu kráľovského architekta Mateus do Couto. Nová výstavba trvala dosť dlho. V roku 1677 nová budova kláštora, ktorý stal sa známy ako kláštora Santa Clara-a-Nova, išiel mníšky. V roku 1696 bol vysvätený kostol.

Hlavný portál kláštorného kostola zdobí s kráľovským erbom, ktorý je podporovaný dvoma anjelmi. Interiér kostola je v barokovom slohu. Kostol je jednoloďový, transept chýba. Bočné kaplnky a hlavná kaplnka zdobia 14 altarpieces z XVII storočia v štýle "Talya dorado" - oltárnych obrazov zarámované vyrezávané a pozláteného dreva. Okrem toho, nový kláštor bol premiestnený hrob s pozostatkami kráľovnej Izabely Portugalska, zakladateľa kláštora. Po smrti svojho manžela, kráľa Dinis, kráľovná bola v Coimbra kláštora Santa Clara do jeho smrti a bol pochovaný tam. Preto medzi miestnymi tento kláštor je nazývaný kláštor kráľovnej Izabely. Hrob s popolom, zo striebra a krištáľu, ktorá sa nachádza v blízkosti hlavného oltára kostola. Pred kostolom stojí pomník kráľovnej Izabely, sochár Antonio Teixeira Lopes v XIX storočí.

V roku 1733 v kláštore ambitu bol postavený v renesančnom slohu. Konštrukcia týchto galérií na starosti maďarského architekta Carlos Mardel.