Kláštor bol založený dno Maura Dias v roku 1280 na mníšky klarissok. Kláštor netrvalo dlho, a v roku 1311 zanikla. V roku 1316 manželka kráľa Dinis ja, kráľovná Isabella Portugalska, v zrekonštruovanej budove kláštora.

Kráľovná Isabella Portugalska tiež nazývaný "Holy kráľovná", pretože jej výnimočnú zbožnosť a spravodlivosť. Kráľovná tiež slávny pre svoje bezúhonnosti je založený nemocnice, detské domovy a školy. Po smrti svojho manžela, kráľa Dinis, ona odišla do kláštora. A v roku 1336 kráľovná zomrel a bol pochovaný v kláštore v hrobke, zdobené v gotickom slohu. V roku 1626, kráľovná Isabella bol vysvätený pre jeho lásky a dobrých skutkov.

Prvý architekt kláštora bol Domingos Domingues, známy pre jeho prácu na galériách kláštora Alcobaça. On pokračoval v práci tohto architekta Estevao Domingues, ktorý bol slávny jeho prác na galéria katedrály v Lisabone. V roku 1330 vysvätení chrámu, a neskôr aj do južnej časti kostola bol postavený kláštor. Kláštor je veľmi často prezentovaný peňažné dary a darčeky. Na začiatku XVI storočia bol kostol vyzdobený Sevillian obklady a inštalovaných novými oltári.

Vzhľadom k tomu, kláštor a kostol bol postavený na ľavom brehu rieky Mondego, potom o rok neskôr bola budova zaplavená nad brehu rieky vôd. A po celé stáročia kláštor zaplavený mnohokrát. Vzhľadom k časté záplavy v kláštore nebolo možné byť, a kráľ John IV nariadené opustiť budovu a presťahovať sa do nového kláštora - kláštor Santa Clara-a-Nova, postavený na kopci neďaleko od starej budovy. Hrobka sa zvyšky kráľovnej Izabely a iné kráľovské osôb boli prevedené do novej budovy.

V priebehu doby, starý kláštor v troskách. V roku 1910 bol objekt uvedený ako pamiatku národného významu, a niektoré rekonštrukčné práce boli vykonané v prvej polovici dvadsiateho storočia.