V roku 1546 bolo založené mesto Arica na mieste zvanom El Chenchorro. O päťdesiat rokov neskôr mesto bolo spustošené zemetrasením a cunami, ktorý nútil obyvateľov presťahovať svoje domovy do prístavu pod ochranou Cape Morro, v mieste, kde je teraz.

Súčasná budova katedrály Arica bol postavený na troskách druhého chrámu mesta, ktorý bol postavený v roku 1640. Po 200 rokoch služby, tento kostol bol tiež zničený pri zemetrasení v roku 1868. Iba zachovalé kamenné schody. Projekt novej stavby kostola bolo nariadené peruánsky prezident Jose Balta vo francúzskom štúdiu Gustave Eiffel, a bola pôvodne určená pre letovisku Ancon. Ale v roku 1875 bolo rozhodnuté vybudovať v meste Arica. O rok neskôr, chrám sa konala prvá omšu.

Počas vojny v Tichomorí (1879-1883) začal patriť do mesta Arica v Čile. Ale až do príchodu dvadsiateho storočia, Arica zostal pod vedením diecézy Arequipa, podľa vyhlášky z Vatikánu. V roku 1910, primátor mesta Arica, Maximo Lira, nariadil vyhostenie peruánskeho kňaza a jeho asistenta zo zeme. Boli nahradené čilskými vojenskými kaplánov.

V roku 1911 bol kostol pripojený k diecéze Tarapaca (teraz - diecézy Iquique). A v roku 1959 bol prevelený do hodnosti katedrály. S požehnaním pápeža Jána Pavla II v roku 1986, to bolo založené diecézy Arica do centra mesta v katedrále svätého Marka v Arica.

Kostol je relatívne malý, v gotickom slohu. Konštrukcia kostola je vyrobený výhradne z kovu - trámy, stĺpy, spojené lomenými oblúkmi, s výnimkou dvoch drevených dverí. Veža chrámu stúpa k nebu, čo krásu a majestátnosť budovy, ktorá bola posilnená okolitej krajiny: Plaza de Colón, Cape Morro de Arica, prístav, prístav a nekonečné more.

V roku 1984 budova katedrály vyhlásený za národnú kultúrnu pamiatku Čile. A v roku 2002 - historická pamiatka Arica.